قصة أنمي ناروتو شيبودن تبدأ بعد أن عاد لنا ناروتو بعد سنتين من التدريب، يحكي عن محاولة إعادة ساسكي إلى القرية لتنتقل الأحداث إلى مواجهة الأكاتسوكي وبداية حرب النينجا الرابعة.